Hva er en Protein Data Bank (PDB) fil? Hvordan åpne og se det i Windows 11?

En proteindatabank-fil (PDB) er et filformat som brukes til å lagre tredimensjonale biologiske data. PDB-filer brukes ofte til å lagre data om proteiner, nukleinsyrer og andre biomolekyler. PDB-filer kan sees på en rekke måter, inkludert gjennom programvare som PyMOL og VMD. I Windows 11 kan du åpne en PDB-fil ved å gå til filutforskeren, klikke på Vis-fanen og deretter velge alternativet for å vise skjulte filer og mapper. Når du har gjort dette, bør du kunne finne PDB-filen du ønsker å se. PDB-filer er et viktig verktøy for forskere som jobber med biomolekyler, da de tillater visualisering og analyse av data i tre dimensjoner. Å forstå hvordan man åpner og viser PDB-filer er derfor en viktig ferdighet for alle som jobber innen bioinformatikk eller beregningsbiologi.

Protein Data Bank (PDB) filer er tredimensjonale molekylære filer som lagrer molekylære strukturer. Nå, hvis du lurer på hvordan du åpner slike filer på PC, vil dette innlegget interessere deg. Her vil vi diskutere PDB-filer i detalj og hvordan du kan se slike filer i Windows 11/10. Så, uten videre, la oss sjekke det ut!

Hva er en Protein Data Bank (PDB) fil?

Proteindatabank (PDB) er en database med 3D strukturelle data for proteiner, nukleinsyrer og andre store molekyler. Fil fra BNP Filtypen er i utgangspunktet en fil som inneholder data relatert til strukturen til et biologisk 3D-molekyl. Dataene inkluderer atomkoordinater, atomstrukturer, atomforbindelse, proteinstruktur, nukleinsyrestruktur og mer. Den inneholder også eksperimentelle metadata.

Dette filformatet er mye brukt i bioinformatikk for å utveksle proteinkoordinater. Den inneholder tusenvis av linjer som beskriver strukturen til et protein. Nå, hvis du vil lese eller se PDB-filer på en Windows-PC, må du bruke et dedikert tredjepartsverktøy, siden det ikke er noen innebygd app for det. I dette innlegget vil vi diskutere forskjellige måter å se PDB-fil i Windows 11/10.

Hvordan se Protein Data Bank (PDB) fil i Windows 11?

Det er to måter å se Protein Data Bank (PDB)-filen på i Windows 11/10, nemlig:

1. Bruk gratis programvare for å se PDB-filer.
2. Prøv et gratis online verktøy for å lese PDB-filer.

1] Bruk gratis programvare for å se PDB-filer.

Du kan bruke tredjeparts Windows-programvare som lar deg åpne og vise PDB filer. Det er flere gratis skrivebordsapper tilgjengelig for Windows som du kan prøve. Her er noen gode du kan bruke:

• IQmol
• Swiss-PdbViewer
• Cumol
• Et molekyl
• RasMol

A] IKmol

IQmol er en gratis og åpen kildekode for molekylær editor og visualiseringsprogramvare for Windows 11/10. Ved å bruke den kan du se PDB så vel som forskjellige andre 3D-molekylfiler som MOL, SMI, CUBE, XYZ, etc. I denne programvaren kan du finne alle viktige verktøy for molekylær visualisering. Disse verktøyene spenner fra grunnleggende til avanserte. I tillegg til å se PDB-filen, kan du også redigere molekylstrukturen.

Den lar deg åpne flere PDB-filer på samme tid og se dem alle samtidig. I Model View-panelet kan du aktivere eller deaktivere gjengivelsen av én eller flere PDB-filer.

De viktigste egenskapene til IQmol:

Funksjonene til denne gratis og åpen kildekode PDB-filviseren som du kan se nærmere på er:

• Du kan finne alle standard verktøy for fillesing, inkludert zoome inn/zoome ut (med musehjul), panorere, rotere, fullskjerm, tilbakestille visning, vise akser, etc.
• Den lar deg tilpasse utseendet til modellen ved å redigere parametere som skyggelegging, omgivelseslys, diffusjon, tåkestyrke, høylys, støyintensitet, POV-Ray-parametere, etc.
• Du kan også legge til atommerker som atommasse, partiell ladning, NMR, spinntetthet, etc.
• Dette lar deg tilpasse kamerainnstillingene etter eget ønske. Du kan justere kameraprojeksjon, posisjon osv.
• har en praktisk Automatisk rotasjon en funksjon som lar deg rotere molekylmodellen automatisk.
• Du kan lagre den gjeldende proteinstrukturrepresentasjonen i et bildeformat som PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS, etc.
• Den lar deg også konvertere PDB til andre molekylfiler ved å bruke 'Lagre som'-funksjonen. Støttede utdataformater: XYZ, MOL, MOL2, CML, etc.
• Du kan også bruke den Beregning funksjoner å beregne molekylstrukturenergi, krefter, PES-skanning, overgangstilstand, kjemiske skift, geometri, dekomponeringsenergi, BSSE-korreksjon, og så videre.

I tillegg til visningsfunksjoner får du en spesiell Bygg-meny med et sett med molekylære konstruksjonsfunksjoner. Disse funksjonene inkluderer å legge til nye atomer, sette inn nye molekyler, minimere struktur, sette isotoper og mer.

Dette er en veldig god molekylær modelleringsprogramvare som du kan visualisere Protein Data Bank-filer med på PC-en din. Hvis du liker det, last ned herfra .

Se: Chem4Word er et kjemitillegg for Microsoft Word. .

B] Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer er en spesiell gratis PDB-filviser for Windows 11/10. Den lar deg visualisere og analysere flere proteinstrukturer samtidig. Du kan analysere proteinstrukturen, DNA-strukturen osv. som finnes i PDB-filen. Bortsett fra PDB-filen, lar den deg også åpne og vise MOL- og MMCIF-filer.

Når du åpner en PDB-fil, vises en 3D-visning på grensesnittet sammen med et kontrollpanelvindu. Kontrollpanelet inneholder generell informasjon, en liste og en filtittel. Du kan enkelt flytte strukturen, rotere den, zoome inn/ut osv.

Den lar deg også vise eller skjule punktoverflaten, basen, hydrogenbindingene, kraftvektorene og mer i henhold til dine preferanser. Du kan også fremheve forskjellige deler med forskjellige fargeskjemaer for bedre å analysere strukturen. I tillegg kan du bruke skjermfunksjoner som Render in Solid 3D, Render POV, Display Labels og mer.

I tillegg til visualiseringsverktøy får du også mange molekylære modelleringsfunksjoner. I tillegg har den også energiberegning, H-bindingsberegning, domeneanalyse, domenedeteksjon, 3D-motivoppretting, krystallografisk symmetribygging og andre verktøy.

Du kan laste den ned fra Offisiell side .

Lese: Den beste gratis programvaren for strømanalyse for Windows 11/10.

C] QMol

Cumol er en annen gratis PDB-visningsprogram for Windows 11/10. Det er et visualiseringsverktøy for makromolekylær struktur som du kan se PDB-filer med. Andre filer du kan åpne og se i den er DX, MAP, MTZ, CNS, etc.

Den lar deg bytte mellom perspektiv og ortografisk visning, rotere modellen, zoome inn/ut osv. Du kan gjengi modellen ved å bruke POV-Ray og dens animasjonsgjengivelsesmetoder. Den gjengitte strukturen kan lagres i PNG-format. Et måleverktøy er også tilgjengelig som lar deg måle avstand, vinkel og vri i modellen.

Du kan også finne noen tilleggsverktøy for å analysere proteinstrukturen ytterligere. Disse verktøyene inkluderer Molekylær superposisjon, Mol overflateskjærer, Mol overflategenerering, Mol bond editor, interaksjonsanalyse, Mol morf animasjon, og så videre.

Det er en god programvare for å visualisere og analysere proteinstrukturen som finnes i PDB-filer.

Se: .LIT-alternativ # Hvordan konvertere LIT til EPUB eller MOBI på Windows?

programvare for sikkerhetskopiering av e-post

D] Molekyler

Den neste PDB-visningsprogramvaren på denne listen er Molekel. Dette er en ganske gammel, men kraftig molekylær visualiseringsprogramvare som lar deg åpne og se PDB-filer. Du kan finne mange verktøy for molekylær visualisering og analyse som lar deg analysere proteinstrukturer.

Den lar deg tilpasse visningen av molekyler, atomer, bindinger, rester osv. Du kan velge forskjellige skjermtyper for hver av dem, som Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicylinder, Wire, Stick, Linear Tape, etc. I tillegg kan du justere egenskapene til 3D-visningen, vise/skjule avgrensningsbokser, bruke shaders osv. Det lar deg se PDB-filen ved å endre elektrontettheten til overflaten til strukturen og legge til en overflate tilgjengelig for løsemiddel til strukturen.

du kan finne Animasjon en funksjon i den for å spille animasjonen av strukturen til molekylet. Den har også en spesiell 'Analyse'-meny med passende verktøy. Ved hjelp av analyseverktøy kan du bestemme rutenettdata, rotasjonstetthet, molekylært elektrostatisk potensial, emisjonsspekter, avstand, vinkel og mer for en struktur.

Den lar deg også konvertere PDB-filer til forskjellige filformater. Disse formatene inkluderer PDF, PS, EPS og Image. Hvis du liker det kan du få det Her .

Lese: Complete Anatomy App er en verdig nedlasting for Windows. .

E] Rasmol

Du kan også bruke RasMol til å se PDB-filer på Windows 11/10. Det er gratis og åpen kildekode-programvare som lar deg visualisere og analysere molekylære strukturer. Den støtter også åpning og visning av andre filer som MOL, XYZ, CIF, MOPAC, etc.

Den lar deg se strukturen som en ramme, renning, stenger, bånd, tråder osv. Du kan også fremheve ulike deler av strukturen med forskjellige farger. Den lar deg også vise eller skjule hydrogenatomer, heteroatomer, skygger, etiketter osv. i henhold til dine preferanser. Du kan også måle avstand, torsjon, vinkel og andre verdier i en struktur.

Denne programvaren er tilgjengelig Her .

Se: Den beste gratis 3D Human Anatomy-programvaren for Windows.

2] Prøv et gratis online verktøy for å lese PDB-filer.

Du kan også bruke et gratis online verktøy for å åpne og vise PDB-filer. Alt du trenger å gjøre er å åpne nettstedet i en nettleser og laste ned PDB-filen for å se den. Her er noen gode gratis online PDB-visere du kan prøve:

• RCSB PDB
• Molsoft

A] RCSB PDB

windows kunne ikke starte diagnostisk policy-tjenesten

Du kan bruke dette gratis onlineverktøyet kalt RCSB PDB for å visualisere Protein Data Bank-filer. Den lar deg importere en PDB-fil og deretter visualisere og analysere dens molekylære struktur.

Du kan finne noen grunnleggende visualiseringsfunksjoner som zoom, rotering, avansert portvisningsveksling, kameratilbakestilling, valgmodusveksling osv. Den lar deg også justere noen innstillinger eller kontrollalternativer som kameramodus (perspektiv eller ortografisk), bakgrunnsfarge, på /av. deaktiver okklusjon, aktiver/deaktiver tåke, klipping, plassering osv.

Det følger med Animer funksjon. Ved å bruke dette kan du automatisk rotere proteinstrukturen. Med denne kan du justere rotasjonshastigheten og vinkelen. Du får også en dedikert Mål verktøy i den. Ved å bruke dette verktøyet kan du finne ut flere verdier som avstand, orientering, vinkel og mer.

I tillegg til disse funksjonene er flere andre nyttige verktøy tilgjengelige: strukturmotivsøk, legge til komponenter, animasjonseksport, geometrieksport (STL, OBJ, etc.) og modelleksport.

Alt i alt er dette en virkelig god gratis online PDB-viser med et flott sett med visualiseringsverktøy. Du kan prøve Her .

B] Molsoft

Molsoft er et annet nettverktøy som kan brukes til å visualisere PDB-strukturer. Dette er en enkel PDB-filviser med grunnleggende funksjoner. Først åpner du den nettsted og klikk på menyvalget med tre felter. Deretter velger du 'Åpne' for å importere en lokalt lagret PDB-fil eller laste opp en fil fra Google Disk. Når du velger en fil, vil den vise deg molekylstrukturen i fremviseren.

Du kan bruke forskjellige visningsmoduser for å visualisere strukturen. Disse visningene inkluderer wireframe, kreatinfosfokinase (CPK), ball og stang, bånd og mer. Du kan enkelt bytte mellom disse visningsmodusene for å passe dine behov. I tillegg lar den deg aktivere eller deaktivere atometiketter, restetiketter, hydrogenbindinger og steder for en bedre forståelse av strukturen.

Det gir også måleverktøy. Du kan måle avstand, flat vinkel og vrivinkel i modellen. I tillegg er en hendig Color by-funksjon tilgjengelig, som lar deg fargelegge strukturen etter atomtype, kjede, justering, sekundærstruktur, etc.

Dette er en annen god online PDB-filviser som du kan prøve gratis.

Hvordan laste ned en PDB-fil fra Protein Data Bank?

For å laste ned en PDB-fil fra Protein Data Bank, kan du besøke Protein Data Bank-nettstedet, skrive inn og søke etter navnet på proteinet eller makromolekylet, slik som humant hemoglobin, kitinase osv. Velg deretter filen fra søkeresultatene og bruk nedlastingsalternativet for å laste ned PDB-filen. Så enkelt som det.

Hvordan se PDB-strukturer?

Molekylære strukturer i PDB kan sees ved hjelp av et dedikert online verktøy eller programvare. Du kan prøve gratis programvare som IQmol, Swiss-PdbViewer og CueMol for å visualisere og analysere PDB-strukturer på din PC. Hvis du foretrekker å bruke et nettbasert verktøy, er det mange alternativer. Prøv for eksempel nettjenester som RCSB PDB og Molsoft. Dette er gratis online PDB-filvisere som gir avanserte verktøy for molekylær visualisering og analyse.

Hvordan konvertere PDB-fil til PDF?

For å konvertere PDB-fil til PDF, kan du bruke denne gratis skrivebordsapplikasjonen kalt Molekel. Den gir et spesielt 'Lagre til PDF'-alternativ som lar deg konvertere PDB-filen til PDF-format. Du kan åpne PDB-filen og deretter klikke 'Fil' > 'Lagre til PDF' for å konvertere PDB til PDF. Vi har diskutert denne programvaren i detalj i dette innlegget, sjekk det ut ovenfor.

Det er alt.

Les nå: Den beste gratis programvaren for molekylær modellering for Windows.